《时空转抄Nazca》的故事发生在日本，男主角馆正成的人生经历颇为曲折。在11岁那年，他的父母遭遇恐怖分子的爆炸事件身亡，留下了一栋大房子和丰厚的遗产。馆是个乐天派，怀揣着改变世界的理想，认为教育是实现这个目标的关键。他立志成为一名美术老师，并在大学期间参加服务社团，志愿到海外担任义工，清除海洋油污。在这个过程中，他遇见了女主角桐竹由花，一位自由撰稿的杂志记者，两人最终订下了婚约。
然而，馆的慈善家叔叔却暗中觊觎他父母的遗产，频繁劝说他加入自己的公司，并提供金钱资助。馆看透了叔叔的企图，坚决拒绝。叔叔为了达到目的，安排馆参与调查海洋污染的工作，却让他不知不觉中受到辐射感染。面对病痛，馆陷入绝望之中，但此时他开始回忆起前世古印加帝国（塔汪汀苏）战士亚瓦尔的记忆。
与此同时，另一位男主角三浦恭资也有着颇为动荡的过往。在国中时期，他叛逆不羁，直到遇见了美术老师兼剑道指导馆正成，才开始转变。在一次剑道比赛中，馆的异常举动让三浦感到担忧，但他并未意识到自己前世是印加帝国战士比鲁卡。当桐竹由花被派往秘鲁采访时，三浦请求随行，逐渐发现了自己前世的身份，但却不愿意接受这个事实。
在古印加帝国的前世中，比鲁卡原本是一个卑微的孤儿，为了拯救青梅竹马阿古莉亚而不惜杀人。被神翁沙所救后，他开始接受贵族战士亚瓦尔的训练，两人成为好友。然而，面对太阳神伊列塔瑟力量的减弱，祭司们决定选出一位太阳贞女来唤醒神力。亚瓦尔爱上了阿古莉亚，但她却被选为太阳贞女。在内战爆发、阿古莉亚被祭祀的情况下，亚瓦尔和比鲁卡之间的矛盾激化，最终导致两人成为敌人并牺牲。
现代世界中，馆和三浦的前世记忆逐渐苏醒，他们分别试图运用伊列塔瑟的力量来改变世界或保护世界。这引发了周围同样具有前世印加帝国身份的人们的觉醒，双方形成敌对阵营，导致一场激烈的斗争。三浦恭资在犹豫杀死或不杀自己恩师的矛盾中，努力寻找解决危机的方法。整个故事交错着现代和古代的命运交织，展现出一幅错综复杂的画面。">
