《石纪元第三季Part2》讲述了全人类被神奇的现象石化后过了几千年的故事。在这个世界中，拥有超人般头脑和天生科学天赋的少年千空苏醒了。面对文明的毁灭，千空决定集结新伙伴的力量，建立起“科学王国”，并且以科学的力量来复原整个世界。然而，他们却面临着由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”的阻挠，他们试图通过武力来阻止科学的发展。
在科学和武力的对抗中，千空等人的科学王国占据了优势，最终两国达成和解。然而，由于同伴的谋反，司被迫处于冷休眠状态。为了复活全人类，科学王国决定以石化光线的发生源地球的背面·新世界作为目标，冲出世界解开石化之谜，开启石头世界大航海时代的终极冒险！">
